Thời kỳ nhiếp chính thứ nhất: 1665-1677

Khi Philip qua đời vào ngày 17 tháng 9 năm 1665, Charles mới lên ba tuổi; Mariana được bổ nhiệm làm nhiếp chính, với sự trợ giúp của một Hội đồng Nhiếp chính, cho đến khi ông đủ tuổi trưởng thành theo pháp luật là 14. Bà tiếp tục áp dụng luật tuyển chọn valido hay 'người được ân sủng' mà Philip ban hành vào năm 1620 và cũng đã được thi hành ở nhiều nơi khác tại châu Âu. Người đầu tiên là Juan Everardo Nithard, một thầy tu dòng Tên gốc Áo và là một người nghe xưng tội đã đi theo bà từ Vienna; do Philip không cho phép người nước ngoài tham gia Hội đồng Nhiếp chính, ông ta phải được nhập tịch, ngay lập tức gây nên phẫn nộ trong giới quý tộc.[7]

Bản thân bà là một 'người ngoại quốc', hai người lần lượt được bổ nhiệm làm 'người được ân sủng' của bà cũng là người ngoài; người giữ chức này sau Nithard là Valenzuela, một người đến từ tầng lớp quý tộc Tây Ban Nha thấp.[8] Ngay cả những nguồn sử hiện đại cũng thường có chung quan điểm về thời kỳ nhiếp chính của bà, cho rằng phụ nữ không thể tự mình cai trị một đất nước, do đó họ ẩn dụ rằng có mối quan hệ tình cảm mờ ám giữa bà và những quan chức này.[9] Mariana tin dùng nhiều cố vấn, bao gồm Bá tước Peñaranda và Hầu tước de Aytona; sử gia Silvia Mitchell còn tranh luận về việc liệu Nithard hay Valenzuela có thực sự là 'valido' hay không, do Mariana chỉ lợi dụng họ để giữ vững quyền lực, chứ không thực sự uỷ quyền cho họ.[10] Dù sách sử có xu hướng nhấn mạnh việc bà tuyển nhiều cố vấn nam, thực chất thì bà có cả những cố vấn nữ, tiêu biểu là Mariana Engracia Álvarez de Toledo Portugal y Alfonso-Pimentel. [11]

Do con trai bà yếu ớt và bệnh tật liên miên, không những thế còn không có người thừa kế khiến cho xung đột nổ ra trong triều đình giữa phe 'thân Áo' của Mariana, và một phe 'thân Pháp', theo danh nghĩa thì được lãnh đạo bởi người anh cùng cha khác mẹ của Charles, John của Áo Em. Tây Ban Nha cũng bị chia rẽ giữa hoàng tộc Castile và Aragon, vốn có nền văn hoá chính trị rất khác biệt khiến cho việc ban hành cải cách gần như là bất khả thi. Nguồn lực tài chính của chính phủ thì khủng hoảng liên miên, hoàng gia tuyên bố phá sản liên tục trong những năm 1647, 1652, 1661 và 1666.[12] Mariana đã phải đối mặt với những vấn đề lớn mà có thể thách thức cả những người cai trị tài ba nhất; Tây Ban Nha đã suy kiệt về kinh tế sau gần một thế kỷ chiến tranh không ngừng, trong khi đó triều đại của bà còn gặp phải Kỷ băng hà nhỏ, một giai đoạn lạnh mà trong đó có những đợt khắc nghiệt nhất vào cuối thế kỷ 17. Giữa năm 1692 và 1699, mùa màng khắp châu Âu bị thất thu và ước chừng có khoảng 5-10% dân số đã chết vì đói.[13]

Chính phủ mới còn phải xử lý nhiều vấn đề đã tồn tại từ các đời vua trước. Cuộc Chiến tranh Phục hồi Bồ Đào Nha kéo dài là vấn đề cấp bách nhất, sau đó vào tháng 5 năm 1667 có thêm cuộc Chiến tranh Chuyển giao quyền lực, khi Pháp xâm lược Hà Lan thuộc Tây Ban Nha và tỉnh Franche-Comté thuộc Tây Ban Nha.[14] Nhu cầu giảm thiểu chi tiêu ngân sách đã dẫn đến các hiệp ước Aix-la-Chapelle và Lisbon năm 1668, chấm dứt các cuộc chiến tranh với Pháp và Bồ Đào Nha.[15]

Hoà bình đã chấm dứt gánh nặng đối với nguồn ngân quỹ Tây Ban Nha, trong khi hiệp ước Aix-La-Chapelle buộc Pháp trao trả hầu hết những vùng lãnh thổ đã chiếm đóng từ năm 1667 đến năm 1668. Tuy nhiên, quân đội lại coi đây là sự sỉ nhục; vào tháng 6 năm 1668, Joseph Malladas, một đại uý người Aragon sống tại Madrid, đã bị tử hình vì âm mưu ám sát Nithard, được cho là theo lệnh của John.[16] Đấu đá quyền lực nội bộ chấm dứt khi Nithard đựoc bổ nhiệm làm sứ giả đến Rome vào tháng 2 năm 1669; kế nhiệm ông là Aytona, ông này qua đời năm 1670 và thay thế ông ta là Valenzuela, một thành viên trong hội đồng của bà Mariana từ năm 1661.[17]

Năm 1672, Tây Ban Nha bị kéo vào cuộc Chiến tranh Pháp - Hà Lan; Valenzuela bị cách chức khi Charles đủ tuổi cai trị vào năm 1675, tuy nhiên triều đình Tây Ban Nha vẫn bị chia rẽ vì đấu đá nội bộ. Mariana tiếp tục nhiếp chính vào năm 1677 khi Charles ngã bệnh và Valenzuela được phục chức, nhưng trong cùng năm đó John đã giành được quyền kiểm soát triều đình.

Thời kỳ nhiếp chính thứ hai: 1679 - 1696

John của Áo Em qua đời tháng 9 năm 1679 và Mariana quay lại làm nhiếp chính một lần nữa; một trong những việc làm cuối cùng của ông ta là sắp xếp cho Charles kết hôn với Marie Louise d'Orléans lúc đó 17 tuổi, hôn lễ diễn ra vào tháng 11 năm 1679.[18]

Marie Louise mất vào thàng 2 năm 1689, không sinh được người thừa kế; cũng như với nhiều người khác đã chết trong thời kỳ đó, kiến thức y học có hạn dẫn đến việc người ta đồn rằng bà bị đầu độc. Y học hiện đại khi phân tích những triệu chứng của bà đã kết luận gần như chắc chắn nguyên nhân là bệnh viêm ruột thừa, có thể là do những phuơng pháp điều trị cải thiện khả năng sinh sản. Vợ hai của Charles là Maria Anna xứ Neuburg, con gái trong một gia đình 12 con, những anh chị em của bà thường được người ta nhắm đến khi dàn xếp những cuộc hôn nhân hoàng gia do gia đình bà nổi tiếng với khả năng sinh sản tốt. Trong số các chị em của bà, Maria Sophia đã kết hôn với Peter II của Bồ Đào Nha, trong khi Eleonore là vợ ba của Hoàng đế Leopold. Maria Anna là cô của các Hoàng đế tương lai Joseph I và Charles VI, do vậy bà là lựa chọn hoàn hảo để tiếp thêm sức mạnh cho phe thân Áo.[19]

Charles vẫn không có con; đến lúc này, gần như đã chắc chắn là ông bị liệt dương, khám nghiệm tử thi cho thấy ông chỉ còn một bên tinh hoàn đã bị teo nhỏ.[20] Khi sức khoẻ ông suy giảm, tranh đoạt quyền lực trong nội bộ triều đình càng trở nên gay gắt, quyền lãnh đạo phe thân Pháp được nắm giữ bởi Fernández de Portocarrero, Hồng y và Tổng giám mục xứ Toledo.

Dưới ảnh hưởng của 'người Áo', vào năm 1690 Tây Ban Nha tham gia Đại Liên minh trong cuộc Chiến tranh Chín Năm đối đầu với Pháp. Hoàng gia tuyên bố phá sản lần nữa vào năm 1692 và đến năm 1696, Pháp đã chiếm được phần lớn Catalonia; Mariana vẫn nắm quyền với sự giúp đỡ của những đạo quân đồng minh đến từ Đức, do anh trai của Maria Anna là Charles Philip lãnh đạo, tuy nhiên nhiều lính trong các đạo quân này đã bị trục xuất khi Mariana qua đời.[21] Bà mất ngày 16 tháng 5 năm 1696 tại Cung điện Uceda ở Madrid, thọ 62 tuổi; nguyên nhân được cho là ung thư vú.[22]